V malgaškem jeziku se otok Madagaskar imenuje Madagasikara (malgaška izgovorjava [madagas?'k?ar??]), njegovo prebivalstvo pa se imenuje Malgaši. Izvor imena je negotov in je verjetno tuje, saj so ga v srednjem veku razširili Evropejci. Če je temu tako, ni znano, kdaj so to ime sprejeli prebivalci otoka. Zdi se, da lokalno prebivalstvo za označevanje otoka ni uporabljalo nobenega imena v malgaškem jeziku, ki je obstajalo pred Madagasikaro, čeprav so imele nekatere skupnosti lastno ime za del ali vso zemljo, ki so jo poseljevali.
Ena hipoteza povezuje Madagaskar z besedo Malay, ki se nanaša na avstronezijsko poreklo Malgašev v današnji Indoneziji. Na zemljevidu Al-Idrizija iz leta 1154 se otok imenuje Gesira Malai ali 'malajski otok' v arabščini. Inverzija tega imena v Malai Gesira, kot so ga poznali Grki, naj bi bila predhodnik sodobnega imena otoka. Ime Malajski otok je bilo kasneje prevedeno v latinščino kot Malichu, skrajšana oblika Malai Insula, v srednjeveški Mappa Mundi iz Hereforda kot ime Madagaskarja.
Druga hipoteza je, da je Madagaskar pokvarjena transliteracija Mogadiša, glavnega mesta Somalije in pomembnega srednjeveškega pristanišča v Indijskem oceanu. To naj bi bilo posledica tega, da je beneški raziskovalec iz 13. stoletja Marco Polo zamenjal obe lokaciji v svojih spominih, v katerih omenja deželo Madageiscar južno od Sokotre. To ime bi potem Evropejci popularizirali na renesančnih zemljevidih.
