Malarijo zdravimo z zdravili, ki uničujejo zajedavce Plasmodium v telesu. Izbira zdravila je odvisna od vrste povzročitelja, območja okužbe in resnosti bolezni. Pri hudi obliki malarije je potrebno hitro zdravljenje v bolnišnici, saj se lahko bolezen hitro poslabša.
Pomembno je, da se zdravljenje začne čim prej po potrditvi okužbe. Nekateri povzročitelji malarije so postali odporni proti določenim zdravilom, zato v zadravstvu danes znanstveniki razvijajo nova zdravila in načine zdravljenja. Uspešno zdravljenje lahko prepreči hude zaplete in zmanjša možnost smrti zaradi bolezni. Malarija pa prav tako vpliva na družbo.