Zgrajeni so iz:
Arheje in bakterije se v svoji strukturi temeljno razlikujejo od evkariontov, ki vsebujejo celično jedro, več kromosomov in številne druge celične organele, kot so mitohondrij, kloroplast, Golgijev aparat, vakuolo itd.
Za razliko od rastlin in živali so prokarionti enocelični organizmi, ki se ne razvijejo ali diferencirajo v večcelično obliko.
Nekatere bakterije rastejo v filamentih ali v celičnih masah, vendar je vsaka celica v koloniji enaka in sposobna samostojnega življenja.
Večina prokariontskih celic je v primerjavi z evkariontskimi celicami zelo majhna. Tipična bakterijska celica je velika približno 1 μm, medtem ko so evkariontske celice velike od 10 do 100 μm.
Tipična prokariontska celica je velika približno toliko kot evkariontski mitohondrij.